C#中程序結構的關鍵概念為程序、命名空間、類型、成員和程序集。C#程序包括一個或多個源文件。程序中聲明類型，類型包含成員並能夠被組織到命名空間中。類和接口是類型的例子。字段、方法、屬性和事件則是成員的例子。當C#程序被編譯時，它們被物理地打包到程序集中。程序集的文件擴展名一般為.exe或者.dll，這取決於它們是實現為應用程序（application），還是類庫（library）。
示例：
using System;
namespace Acme.Collections
{
public class Stack
{
Entry top;
public void Push(object data){
top=new Entry(top,data);
}
public object Pop(){
if (top==null) throw new InvalidOperationException();
object result=top.data;
top=top.next;
return result;
}
class Entry
{
public Entry next;
public object data;
public Entry(Entry next,object data){
this.next=next;
this.data=data;
}
}
}
}在叫做Acme.Collections的命名空間下，聲明名為Stack的類，這個類的完全限定名就是Acme.Collections.Stack。它包括幾個成員：一個名為top的字段，兩個分別命名為push和pop的方法，以及一個名為Entry的嵌套類。Entry類又進一步包括三個成員：一個名為next的字段，一個名為data的字段，以及一個構造函數。假定這個示例的源程序被存為acme.cs文件，命令行為：
csc /t:library acme.cs
將這個示例編譯為類庫（不帶Main入口點的代碼），並且產生一個名為acme.dll的程序集。
程序集包括中間語言（Intermediate Language，IL）指令形式的可執行代碼，以及元數據（metadata）形式的符號信息。在它執行之前，程序集的IL代碼將被.NET公共語言運行庫（Common Language Runtime，CLR）自動轉換成特定處理器的代碼。
由於程序集是自描述的功能單元，它既包括代碼，也包括元數據，因此，在C#中不需要#include指令和頭文件。假如某個C#程序需要引用特定程序集中的公共類型和成員，那麼只在編譯時簡單地引用那個程序集就可以了。例如，下面的程序使用來自acme.dll程序集中的Acme.Collections.Stack類：
using System;
using Acme.Collections;
class Test
{
static void Main(){
Stack s=new Stack();
s.Push(1);
s.Push(10);
s.Push(100);
Console.WriteLine(s.Pop());
Console.WriteLine(s.Pop());
Console.WriteLine(s.Pop());
}
}如果程序被存為test.cs文件，那麼，在test.cs被編譯時，acme.dll可以通過/r選項被引用：
csc /r:acme.dll test.cs
這樣可以創建一個名為test.exe的可執行程序集，運行結果如下：
100
10
1
C#允許一個程序的源文本被存為幾個源文件。當多文件的C#程序被編譯時，所有的源文件都被一起處理，並且各個源文件從概念上能夠自由地相互引用，就如同處理之前，所有的源文件被連接成一個大文件。在C#中向前聲明是沒有必要的，原因就是聲明的順序無關緊要。C#不限制一個源文件只能聲明一個公共類型，也不要求源文件名必須與該文件中的類型相匹配譯注1。
