和C/S結構相比，B/S結構受限於網絡帶寬不利於進行大數據量的統計分析，網絡傳輸存在潛在的安全問題，還有用戶界面不及C/S結構友好等等，但隨著網絡帶寬和網絡應用的發展，加上AJax技術的流行，使得現在越來越多的MIS系統或基於MIS系統的專業化應用系統都開始傾向於采用B/S結構進行設計，充分利用B/S結構的優點。但是，要充分發揮Web應用的內在潛力，挖掘應用深度和擴大適應能力，需要采用先進的應用架構和以實用為根本准則，使得系統既能滿足業務需求，又能適應將來發展需要。因此，在開發Web應用系統時需要盡量遵循Web應用系統設計原則。
實用性原則：這是所有應用軟件最基本的原則，直接衡量系統的成敗，每一個提交到用戶手中的系統都應該是實用的，能解決用戶的實際問題，否則該設計就是垃圾。
適應性和可擴展性原則：系統需要具備一定的適應能力，特別是Web應用要能適應於多種運行環境，來應對未來變化的環境和需求。可擴展性主要體現在系統易於擴展，例如可以采用分布式設計、系統結構模塊化設計，系統架構可以根據網絡環境和用戶的訪問量而適時調整，從某種程度上說，這也是系統的適應性。
可靠性原則：系統應該是可靠的，在出現異常的時候應該有人性化的異常信息方便用戶理解原因，或采取適當的應對方案，在設計業務量比較大的時候可采用先進的嵌入式技術來保證業務的流暢運行。
可維護性和可管理性原則：Web系統應該有一個完善的管理機制，而可維護性和可管理性是重要的兩個指標。
安全性原則：現在的計算機病毒幾乎都來自於網絡，Web應用應盡量采用五層安全體系，即網絡層安全、系統安全、用戶安全、用戶程序的安全和數據安全。系統必須具備高可靠性，對使用信息進行嚴格的權限管理，技術上，應采用嚴格的安全與保密措施，保證系統的可靠性、保密性和數據一致性等。
總體規劃、分層實施原則：在開始設計之前應該對Web系統進行總體設計，然後在總體設計指導下分步開發。基於J2EE技術的應用系統是一個融合了多元信息的集成系統，現在一般都采用分層開發：表現層、控制層、業務邏輯層、模型層、數據訪問層等，在適應系統需求的准則下，設計低耦合的分層結構，利於團隊成員的分工協作，提高開發效率，降低項目風險，實現各個模塊的功能設計，完成整個系統的開發。
