為了更好地滿足客戶在面向服務的架構（Service OrIEnted Architecture ，SOA）業務流程管理（Business Process Management，BPM）開發方面的不同需求，BizTalk Server 2006 R2 版本進行了重新設計。為了適應多種應用場景，該產品現在有三個版本：企業版，標准版，分支機構版和開發版。BizTalk Server 2006 R2 企業版，標准版和分支機構版都基於每台處理器獲得許可。安裝有任何 BizTalk Server 組件（例如 BizTalk Server 規則引擎）的每個處理器都需要一個許可。然而，某些工具和組件不需要獲得處理器許可就可以安裝在單獨的機器上。對這些組件的詳細解釋，請參閱BizTalk Server 2006 R2 Pricing and Licensing Frequently Asked Questions.
所有版本都適用於九種語言（英語，日語，德語，法語，西班牙語，意大利語，韓語，簡體中文和繁體中文）
以下是新的定價和許可結構概述（以人民幣為單位，含稅）:
企業版: ￥427,135/處理器
•完整的 EAI, B2B 和業務流程管理功能
•包括所有的垂直行業加速器（RosettaNet, HIPAA, HL7和 SWIFT）
•包括所有當前和新的應用程序和技術適配器
•包括 BizTalk RFID
•包括 Host Integration Server 企業版
•允許無限制的“應用程序”(參見 BizTalk Server 2006 R2 Pricing and Licensing FAQ)
•120天免費評估
•橫向擴展/故障轉移多消息盒
