在經驗豐富的 Java 開發人員看來，.Net 可能與 Java 平台很相似，它們都提供了一種創建應用程序的結構化方法，都有編譯為中間代碼的語言，都為應用程序開發提供了一個大型 API 庫。但實際上，.Net 的核心有一套與 Java 平台不同的目標。
從概念上講，Java 是兩樣東西：Java 平台（運行時和 API）和 Java 語言。Java 平台的用途是支持用 Java 語言編寫並被編譯為 Java 字節碼的應用程序。盡管進行了許多試圖將其他語言編譯為 Java 字節碼的工作，但是這些工作大部分都是學術活動。Java 的理想目標一直是“在多種平台上使用一種語言”。
.NET 也是兩樣東西：.NET Framework（運行時和 API）和大量支持它的編程語言。.NET Framework 的用途是支持用任一種語言編寫並被編譯為 MSIL 的應用程序。.Net 的目標是“多種語言共享一種平台”。
第一部分 安全配置和代碼封裝
安全配置
兩個平台的配置都是通過XML或純文本文件，兩個平台最大的區別在於處理安全配置體系的方式不同。
在.Net平台，有圖形接口和命令行二種方式來修改安全配置參數。Mscorcfg.msc是圖形接口方式，CASPol.exe提供了命令行方式，適用於批處理或配置文本。
Java平台只提供了圖形接口的工具policytool.exe。和.Net不同的是，它的目標對象（配置文件）的名字和位置不是固定的。
.Net定義了不同范圍的安全配置文件：系統范圍，本機范圍，本用戶范圍。在配置有沖突時，原則上小范圍的參數有優先權。
Java和J2EE的核心配置文件都保存在固定位置，但擴展配置文件隨廠家不同而不同。
代碼封裝：檢驗
Java 和.Net 的Common Library Runtime (CLR) 都實行內存安全或類型安全的保護機制，在這些平台開發的應用的安全性也是可以檢驗的。他們的實現機制有很大的不同。
在.Net， CLR總是執行編譯好的代碼，它不解釋代碼。但是在中間語言（IL）被編譯之前，編譯器會有驗證和檢驗的步驟。第一步是檢查文件的結構和代碼完整性；第二步包括一些擴展的檢查，內存安全、堆棧跟蹤、數據流分析、類型檢查等。在運行階段，由VES (Virtual Execution System) 來負責安全性檢查和出錯意外情況處理。
在JAVA平台，Java虛擬機（JVM）負責類的載入、鏈接、檢驗和執行。對於已經編譯和優化的代碼，JVM也用二個無條件調用堆棧來保留最初的字節代碼信息。
小結：和.NET不同，JVM的默認設置是不檢驗本地代碼。另外，JVM保留最初的字節代碼供運行時檢查，而.Net把靜態分析和運行時插入檢驗代碼相結合。
代碼封裝：應用隔離
在.NET， 域隔離建立在內存安全機制的基礎上，不同的域不能直接訪問彼此的地址空間，只能通過.Net遠程通信機制訪問。
在Java平台，應用隔離是通過ClassLoaders 和 ProtectionDomains 相結合來實現的，安全類加載是JVM安全機制的基石。
小結：.Net的 AppDomains 就象操作系統的進程一樣，使用起來比Java的 ProtectionDomains 更直接、容易一些。
代碼封裝： 語言特征
兩個平台基本上差不多，.Net在靈活性上稍微好一點。
總結：
Java在安全配置上有較多的優勢，.Net在代碼封裝的選擇性和易用性好一些。
第二部分 加密和通信
加密法：概論
.NET的加密法主要基於CryptoAPI 和相關擴展。大多數有關加密的類都在System.security.Cryptography, X509Centificates 和XML中。.NET利用基於流的模型來完成加密傳輸，所有的算法都被默認為最高的安全級別。.Net也允許用戶自己在 Machine.config 中定義自己的算法。
JAVA平台的加密算法分二個部分：Java Cryptography Architecture (JCA) 和 Java Cryptography Extension (JCE)。 JCE的出口受到有關法律的限制。如果要使用用戶自己的加密算法，必須得到認證機構（SUN 或 IBM）的認證。
加密法：算法
.Net主要提供了下面幾大類加密算法：非對稱算法、HASH算法、對稱算法、隨機數生成法。
JAVA提供的加密算法更多，但是較少第三方廠商可以在Java中提供自己的算法。
安全通信
SSL已經是事實的傳輸安全的工業標准了。Java和.Net都支持最新版本 SSL 3.0。
