這篇文章主要介紹了Pthon批量處理將pdb文件生成dssp文件,通過本例主要學習遍歷目錄下文件的方法,需要的朋友可以參考下
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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015 @author: chaofn """ import os """ 這個程序的目的是將linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目錄中的所有文件（一共有215個文件） 批處理 將pdb文件生成dssp文件 """ #listdir返回文件名的列表 fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb') #遍歷整個列表 for i in range(len(fileLine)-1): #將字符串用變量表示 input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i] #先去掉文件名的後綴，然後形成後綴為dssp的文件名 out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp' output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file #注意：參數的傳遞（先是%s，然後是%變量名），多個變量的傳入要用元組表示，在元組前用% os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))
