php.ini 或 php3.ini 是 PHP 在啟動時會讀取的配置文件。該文件的存放路徑為 /usr/local/lib/。在 PHP 3.x 版的配置文件為 php3.ini；而在 PHP 4.x 版改為 php.ini。若 PHP 安裝成服務器的模塊，則在 Web 服務器啟動執行時會讀取，之後就不再讀取，因此改動配置的話要重新啟動 Web 服務器。若使用獨立 PHP CGI 方式，則每次都讀一次。
要看目前的系統配置，可以用phpinfo()看到。以下為選項配置
php_value name value
配置變量名稱和值。本選項需 PHP 4.x 版之後才能使用。
php_flag name on|off
配置標志布爾變量選項。本選項需 PHP 4.x 版之後才能使用。
php_admin_value name value
配置 Apache 的配置文件變量。原來在 .htaccess 的配置改到這個選項配置。本選項需 PHP 4.x 版之後才能使用。
php_admin_flag name on|off
配置布爾變量當標志。本選項需 PHP 4.x 版之後才能使用。
asp_tags boolean
配置 PHP 程序是否解析以 ASP Script 語法 <% %> 的標記 (tag)。本選項在 PHP 3.0.4 之後才可使用。更多的細節可以參考>嵌入方法的部份。
auto_append_file string
配置本選項可以讓指定的文件附加在原 PHP 程序後面自動執行。若 PHP 程序中有用到 exit() 函數，則指定的文件不會執行。參數 string 即為指定自動執行的文件。
auto_prepend_file string
配置本選項可以讓指定的文件在原 PHP 程序之前自動執行。參數 string 即為指定自動執行的文件。
cgi_ext string
本選項配置 CGI 程序的擴展名。
display_errors boolean
本選項配置是否要將執行的錯誤信息顯示在用戶的浏覽器上。
doc_root string
配置服務器的文件及 PHP 文件放置的根目錄。
engine boolean
本選項需要使用apache的模塊方式使用 PHP。可配置是否要使用 PHP 引擎。在 httpd.conf 中加入 php3_engine on/off 亦可配置某目錄或某虛擬網站是否要用 PHP 解析器。
error_log string
本選項用來配置錯誤記錄文件。在 UNIX 系統上參數 string 即為文件名。Windows NT 會將記錄記在事件檢視器的日志之中。Windows 95/98 則不支持系統記錄。
error_reporting integer
本選項用來配置系統記錄的等級。參數 integer 即為等級的級數標志，可以加在一起，默認值為 7，見下表
級數 說明
1 一般的錯誤
2 一般的警告
4 解析錯誤
8 非關鍵的警告
open_basedir string
本選項用來配置提供 PHP 存取的最底層目錄。從該指定目錄之下的文件或目錄，PHP 程序才能存取。使用本選項主要是為了系統安全性的考慮。參數 string 即為要限制的最底層目錄節點。值得注意的是在 UNIX 系統中，若該節點之下的文件或目錄有符號鏈結 (symbolic link)，則可能會讓使用本選項的目的打折，因此在目錄的設計上考慮，也是 Webmaster 的重要任務。默認值是所有文件均可存取。在 PHP 3.0.7 版之後，可以配置多個底層目錄。
gpc_order string
配置 GET/POST/COOKIE 三種模塊的順序及規則。參數 string 即為要配置的規則，例如：配置成 "GP" 表示忽視 cookie，並在存取方法 (method) 相同時，以 POST 取代 GET。
ignore_user_abort string
默認值為 Off。用來配置當傳輸未完成時，用戶端斷線是要繼續處理。
include_path string
為 PHP 程序中 require、include 及 fopen_with_path 等函數的文件搜尋路徑。在 UNIX 或 Windows 中的斜線方向不同。
log_errors boolean
指定程序錯誤時是否要記錄在 log 文件中。
magic_quotes_gpc boolean
配置 GET/POST/COOKIE 三種模塊的特殊字符，包含單引號、雙引號、反斜線、及空字符 (NUL) 是否要自動加入反斜線當溢出字符。
magic_quotes_runtime boolean
配置返回資料是否自動加入反斜線當溢出字符。
magic_quotes_sybase boolean
配置 sybase 資料中單引號要自動加上反斜線當溢出字符。
max_execution_time integer
配置程序最久執行時間。單位是秒。
memory_limit integer
配置程序最多使用多少內存。
short_open_tag boolean
配置是否使用短的 PHP 標記 (<? ?>)。若不使用，則必須要用 <?php 作為程序的開頭，若要使程序合乎 XML 的標准則要關閉本功能。
track_errors boolean
打開本選項可使最後的錯誤信息跟著全局變量 $php_errormsg。
track_vars boolean
打開本選項可讓用戶輸入的字符串自動解析到變量之中，而不用自己處理。
upload_tmp_dir string
指定上傳文件臨時路徑。
user_dir string
指定用戶根目錄的路徑。
warn_plus_overloading boolean
若打開本選項，字符串間就只能用英文的句號 (.) 鏈接，而不能用加號 (+) 鏈接字符串。
SMTP string
在 Windows 系列操作系統中，用來指定 SMTP 服務器，供 mail 函數使用。參數 string 為 SMTP 服務器名字。
sendmail_from string
配置 "From: " 字符串供 Windows 系列操作系統使用 mail 函數。
sendmail_path string
配置 sendmail 程序的放置路徑。例如 /usr/sbin/sendmail。
safe_mode boolean
配置 PHP 在安全模式下執行。
safe_mode_exec_dir string
配置安全模式程序執行的路徑。
debugger.host string
指定遠端調試的服務器名稱，可以是 IP 或 Domain Name。
debugger.port string
配置遠端調試服務器的端口 (port)。
debugger.enabled boolean
配置是否可以為調試模式。
enable_dl boolean
本選項要使用apache模塊 (Apache module) 的方式才有效。用來配置 PHP 的函數可否作用。當系統處於安全模式 (safe-mode) 時，本選項 enable 也無法使用 dl() 函數。
extension_dir string
配置動態函數的路徑。
extension string
PHP 啟動時所要載入的動態擴充功能。
mysql.allow_persistent boolean
配置是否允許 MySQL 數據庫持續連接 (persistent connections)，會影響函數。
mysql.max_persistent integer
配置每個處理程序最多保持幾個 MySQL 持續連接。
mysql.max_links integer
配置每個處理程序最多開幾個 MySQL 連接，包括持續連接。
msql.allow_persistent boolean
配置是否允許 mSQL 數據庫持續連接 (persistent connections)，會影響函數。
msql.max_persistent integer
配置每個處理程序最多保持幾個 mSQL 持續連接。
msql.max_links integer
配置每個處理程序最多開幾個 mSQL 連接，包括持續連接。
pgsql.allow_persistent boolean
配置是否允許 Postgres 數據庫持續連接 (persistent connections)，會影響函數。
pgsql.max_persistent integer
配置每個處理程序最多保持幾個 Postgres 持續連接。
pgsql.max_links integer
配置每個處理程序最多開幾個 Postgres 連接，包括持續連接。
sybase.allow_persistent boolean
配置是否允許 Sybase 數據庫持續連接 (persistent connections)，會影響函數。
sybase.max_persistent integer
配置每個處理程序最多保持幾個 Sybase 持續連接。
sybase.max_links integer
配置每個處理程序最多開幾個 Sybase 連接，包括持續連接。
sybct.allow_persistent boolean
配置是否允許 Sybase-CT 數據庫持續連接 (persistent connections)，默認值是打開的。
sybct.max_persistent integer
配置每個處理程序最多保持幾個 Sybase-CT 持續連接。默認值為 -1 表示無限制。
sybct.max_links integer
配置每個處理程序最多開幾個 Sybase-CT 連接，包括持續連接。默認值為 -1，表示沒有限制。
sybct.min_server_severity integer
配置 Sybase-CT 服務器錯誤報告的最少筆數。默認值為 10。
sybct.min_client_severity integer
配置 Sybase-CT 客戶端錯誤報告的最少筆數。默認值為 10。
sybct.login_timeout integer
配置 Sybase-CT 最久可以使用的登入時間。默認值為 1 分鐘。
sybct.timeout integer
配置 Sybase-CT 的 query 操作時間限制。默認值為無限制。
sybct.hostname string
配置 Sybase-CT 可連接機器名稱。默認值不設限
ifx.allow_persistent boolean
配置是否允許 Informix 數據庫持續連接 (persistent connections)，會影響函數。
ifx.max_persistent integer
配置每個處理程序最多保持幾個 Informix 持續連接。
ifx.max_links integer
配置每個處理程序最多開幾個 Informix 連接，包括持續連接。
ifx.default_host string
配置 Informix 默認連接的服務器名稱，供ifx_connect()或ifx_pconnect()函數使用。
ifx.default_user string
配置 Informix 默認連接的用戶帳號，供ifx_connect()或ifx_pconnect( 函數使用。
ifx.default_password string
配置 Informix 默認連接的用戶密碼，供ifx_connect()或ifx_pconnect() 函數使用。
ifx.blobinfile boolean
配置 Informix 長位類模式，0 表在內存；1 表在文件中。亦可以在 PHP 程序中使用ifx_blobinfile_mode()函數來修改。
ifx.textasvarchar boolean
配置 Informix 文字模式默認值，0 表返回 blob 的代碼；1 表返
