首先修改httpd.conf，如果你只允許你的php腳本程序在web目錄裡操作，還可以修改httpd.conf文件限制PHP的操作路徑。比如你的web目錄是/usr/local/apache/htdocs，那麼在httpd.conf裡加上這麼幾行：
PHP_admin_value open_basedir /usr/local/apache
/htdocs
這樣，如果腳本要讀取/usr/local/apache/htdocs以外的文件將不會被允許，如果錯誤顯示打開的話會提示這樣的錯誤：
Warning: open_basedir restriction in effect. File is in wrong directory in
/usr/local/apache/htdocs/open.PHP on line 4
等等。
2、防止PHP木馬執行webshell
打開safe_mode，
在，PHP.ini中設置
disable_functions= passthru，exec，shell_exec，system
二者選一即可，也可都選
3、防止PHP木馬讀寫文件目錄
在PHP.ini中的
disable_functions= passthru，exec，shell_exec，system
後面加上PHP處理文件的函數
主要有
fopen，mkdir，rmdir，chmod，unlink，dir
fopen，fread，fclose，fwrite，file_exists
closedir，is_dir，readdir.opendir
fileperms.copy，unlink，delfile
即成為
disable_functions= passthru，exec，shell_exec，system，fopen，mkdir，rmdir，chmod，unlink，dir
，fopen，fread，fclose，fwrite，file_exists
，closedir，is_dir，readdir.opendir
，fileperms.copy，unlink，delfile
ok，大功告成，PHP木馬拿我們沒轍了，遺憾的是這樣的話，利用文本數據庫的那些東西就都不能用了。
如果是在winDOS平台下搭建的apache我們還需要注意一點，apache默認運行是system權限，這很恐怖，這讓人感覺很不爽.那我們就給apache降降權限吧。
net user apache fuckmicrosoft /add
net localgroup users apache /del
ok.我們建立了一個不屬於任何組的用戶apche。
我們打開計算機管理器，選服務，點apache服務的屬性，我們選擇log on，選擇this account，我們填入上面所建立的賬戶和密碼，重啟apache服務，ok，apache運行在低權限下了。
實際上我們還可以通過設置各個文件夾的權限，來讓apache用戶只能執行我們想讓它能干的事情，給每一個目錄建立一個單獨能讀寫的用戶。這也是當前很多虛擬主機提供商的流行配置方法哦，不過這種方法用於防止這裡就顯的有點大材小用了。
