一、 語言比較
PHP是解釋執行的服務器腳本語言，首先php有簡單容易上手的特點。語法和c語言比較象，所以學過c語言的程序員可以很快的熟悉PHP的開發。而java需要先學好Java的語法和熟悉一些核心的類庫，懂得面向對象的程序設計方法。所以Java不如PHP好學。
Java首先要編譯成字節碼.class文件，然後在java虛擬機上解釋執行。Java的Web開發首先最容易想到的就是JSP(現在已經到JSP2.0)，原來的Java的web開發都是用servlet來實現的，用servlet來開發需要程序員在Java的源文件中嵌入大量的Html代碼。所以後來就出現了JSP,JSP可以方便的嵌入到Html文件當中，其實JSp文件在服務器上執行的時候首先會被應用服務器轉換成servlet，然後再編譯執行。JSP可以通過servlet和JavaBean的支持產生強大的功能。JavaBean 是一種可復用的、跨平台的軟件組件。使用javabean可以方便的實現Java代碼和Html的分離，能夠增強系統的功能和軟件的復用性。
Java的web開發屬於SUN公司定義的J2EE其中的規范。而且在J2EE中包括了java的web開發的所有方面，如：JSP、Servlet、JDBC、JNDI、JavaBEAN、EJB等等。J2EE就特別適合於做大型的企業級的應用。
二、 數據庫訪問比較
Java通過JDBC來訪問數據庫，通過不同的數據庫廠商提供的數據庫驅動方便地訪問數據庫。訪問數據庫的接口比較統一。
PHP對於不同的數據庫采用不同的數據庫訪問接口，所以數據庫訪問代碼的通用性不強。例如：用Java開發的Web應用從MySQL數據庫轉到Oracle數據庫只需要做很少的修改。而PHP則需要做大量的修改工作。
三、 系統設計架構比較
采用Java的web開發技術，需要使用的是面向對象的系統設計方法，而PHP還是采用面向過程的開發方法。所以用Java進行開發前期需要做大量的系統分析和設計的工作。
四、 跨平台性
Java和PHP都有很好的跨平台的特性。幾乎都可以在不作任何修改的情況下運行在Linux或者Windows等不同的操作系統上。
五、 開發成本比較
PHP最經典的組合就是：PHP + MySQL + apache。非常適合開發中小型的Web應用，開發的速度比較快。而且所有的軟件都是開源免費的，可以減少投入。
Java的Web應用服務器有免費Tomcat、JBoss等，如果需要更好的商業化的服務有：Web Sphere和 Web logic。
六、 分布式多層架構比較
PHP只能實現簡單的分布式兩層或三層的架構，而Java在這方面就比較強大，可以實現多層的網絡架構。數據庫層(持久化層)、應用(業務)邏輯層、表示邏輯層彼此分開，而且現在不同的層都已經有一些成熟的開發框架的支持。例如Struts就是利用Java的web開發技術實現了MVC的設計模式，而在業務邏輯層也有Spring框架，數據庫持久化層有Hibernate等框架。這些框架可以方便開發者高效、合理、科學得架構多層的商業應用。
下面簡要的說一下Struts，它實質上是在JSP Model2的基礎上實現的一個MVC(Model、VIEw、Controler)框架。JSP Model2體系結構是一種聯合使用JSP 與Servlet 來提供動態內容的方法。在Struts框架中，模型由實現業務邏輯的JavaBean或EJB組件構成，控制器由Servlet實現的，視圖由一組JSP文件組成。采用Struts可以明確角色的定義和開發者與網頁設計者的分工。而且項目越復雜，其優勢越明顯。
七、 源代碼安全
PHP開發的程序的源代碼都是公開的，他人拿到PHP開發的程序後都可以進行修改。
Java開發的程序，最後用戶拿到的是只是一些編譯好的class類，無法看到完整的源代碼，安全性高。
八、性能比較
有人做過試驗，對這兩種種語言分別做回圈性能測試及存取Oracle數據庫測試。
在循環性能測試中，JSP只用了令人吃驚的四秒鐘就結束了20000*20000的回圈。而PHP測試的是2000*2000循環(少一個數量級)，卻分別用了63秒。
數據庫測試中，二者分別對 Oracle 8 進行 1000 次 Insert,Update,Select和Delete： JSP 需要 13 秒，PHP 需要 69 秒。
綜上所述，我個人認為，PHP適合於快速開發，中小型應用系統，開發成本低，能夠對變動的需求作出快速的反應。而Java適合於開發大型的應用系統，應用的前景比較廣闊，系統易維護、可復用性較好。還有，同樣功能的系統用Java開發的系統要比PHP開發的系統的價格要高。
