php.ini 或 php3.ini 是 PHP 在啟動時會讀取的配置文件。該文件的存放路徑為 /usr/local/lib/。在 PHP 3.x 版的配置文件為 php3.ini；而在 PHP 4.x 版改為 php.ini。若 PHP 安裝成服務器的模塊，則在 Web 服務器啟動執行時會讀取，之後就不再讀取，因此改動配置的話要重新啟動 Web 服務器。若使用獨立 PHP CGI 方式，則每次都讀一次。
要看目前的系統配置，可以用phpinfo()看到。以下為選項配置
php_value name value
配置變量名稱和值。本選項需 PHP 4.x 版之後才能使用。
php_flag name on|off
配置標志布爾變量選項。本選項需 PHP 4.x 版之後才能使用。
php_admin_value name value
配置 Apache 的配置文件變量。原來在 .htaccess 的配置改到這個選項配置。本選項需 PHP 4.x 版之後才能使用。
php_admin_flag name on|off
配置布爾變量當標志。本選項需 PHP 4.x 版之後才能使用。
asp_tags boolean
配置 PHP 程序是否解析以 ASP Script 語法 <% %> 的標記 (tag)。本選項在 PHP 3.0.4 之後才可使用。更多的細節可以參考>嵌入方法的部份。
auto_append_file string
配置本選項可以讓指定的文件附加在原 PHP 程序後面自動執行。若 PHP 程序中有用到 exit() 函數，則指定的文件不會執行。參數 string 即為指定自動執行的文件。
auto_prepend_file string
配置本選項可以讓指定的文件在原 PHP 程序之前自動執行。參數 string 即為指定自動執行的文件。
cgi_ext string
本選項配置 CGI 程序的擴展名。
display_errors boolean
本選項配置是否要將執行的錯誤信息顯示在用戶的浏覽器上。
doc_root string
配置服務器的文件及 PHP 文件放置的根目錄。
engine boolean
本選項需要使用apache的模塊方式使用 PHP。可配置是否要使用 PHP 引擎。在 httpd.conf 中加入 php3_engine on/off 亦可配置某目錄或某虛擬網站是否要用 PHP 解析器。
error_log string
本選項用來配置錯誤記錄文件。在 UNIX 系統上參數 string 即為文件名。Windows NT 會將記錄記在事件檢視器的日志之中。Windows 95/98 則不支持系統記錄。
