Linux環境中，安裝好mysql後，還不能直接啟動服務，必須先對數據庫進行初始化。初始化的工作主要包括：
初始化日志、表空間等數據庫必須的文件；
創建並初始化系統數據庫(mysql)。
初始化完成後，啟動mysqld守護進程，方可訪問數據庫。
在Windows的環境下，安裝包內已經自帶了一個初始化好的環境，安裝後展開在mysql根目錄的data子目錄。所以並不需要手工進行初始化。但是某些情況下，也可能需要從零開始初始化數據庫，比如：
數據文件被破壞，需要重建；
希望保留現有環境不動，建立一個新的環境；
希望建立一個干淨的環境。
不幸的是，Linux環境下是利用mysql_install_db.sh腳本初始化數據庫環境的；而在windows版中並沒有提供相應的腳本。那麼該怎麼辦呢？
經過對Linux環境下的mysql_install_db.sh的分析，發現初始化數據庫的命令主要是以下幾行：
mysql_install_db.sh
# Pipe mysql_system_tables.sql to "mysqld --bootstrap"
s_echo "Installing MySQL system tables..."
if { echo "use mysql;"; cat $create_system_tables $fill_system_tables; } | eval "$filter_cmd_line" | $mysqld_install_cmd_line > /dev/null
then
s_echo "OK"
s_echo "Filling help tables..."
# Pipe fill_help_tables.sql to "mysqld --bootstrap"
if { echo "use mysql;"; cat $fill_help_tables; } | $mysqld_install_cmd_line > /dev/null
then
s_echo "OK"
......
其中：
$create_system_tables、$fill_system_tables和$fill_help_tables分別是創建系統數據庫、初始化系統數據庫中的數據、和初始化幫助數據；
$filter_cmd_line是過濾掉主機名（用於交叉初始化非本機運行數據庫環境的情況，可忽略）；
$mysqld_install_cmd_line主要是"mysqld --bootstrap"命令；
分析清楚上述內容，就可以自己手工初始化數據庫了。具體步驟如下：
設置mysql配置文件。主要是設置basedir（mysql的home目錄，如：/opt/mysql-5.1.40）和datadir（數據庫文件目錄，如：/var/db/mysql）兩個參數。
初始化數據庫目錄，檢查/var/db/mysql和/var/db/mysql/mysql（系統數據庫）目錄是否存在，若不存在則手工創建之。
准備初始化數據庫的sql腳本。將/opt/mysql-5.1.40/share目錄下的mysql_system_tables.sql、 mysql_system_tables_data.sql和fill_help_tables.sql三個文件拷貝到/tmp目錄下，並在每個文件的最開始插入“use mysql;”一行。
執行下列命令，初始化數據庫：
/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqld.exe --bootstrap --console < /tmp/mysql_system_tables.sql
/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqld.exe --bootstrap --console < /tmp/mysql_system_tables_data.sql
/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqld.exe --bootstrap --console < /tmp/fill_help_tables.sql
運行/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqld.exe啟動數據庫服務（注意：停止數據庫服務的命令是/opt/mysql-5.1.40/bin/mysqladmin.exe -uroot shutdown）。
運行/opt/mysql-5.1.40/bin/mysql.exe -uroot，訪問數據庫服務，驗證數據庫是否正常。()
至此數據庫已初始化完畢，可以正常訪問了。
