主鍵索引
主鍵索引，簡稱主鍵，原文是PRIMARY KEY，由一個或多個列組成，用於唯一性標識數據表中的某一條記錄。一個表可以沒有主鍵，但最多只能有一個主鍵，並且主鍵值不能包含NULL。
在MySQL中，InnoDB數據表的主鍵設計我們通常遵循幾個原則：
采用一個沒有業務用途的自增屬性列作為主鍵；
主鍵字段值總是不更新，只有新增或者刪除兩種操作；
不選擇會動態更新的類型，比如當前時間戳等。
這麼做的好處有幾點：
新增數據時，由於主鍵值是順序增長的，innodb page發生分裂的概率降低了；可以參考以往的分享“[MySQL FAQ]系列 — 為什麼InnoDB表要建議用自增列做主鍵”；
業務數據有變更時，不修改主鍵值，物理存儲位置發生變化的概率降低了，innodb page中產生碎片的概率也降低了。
MyISAM表因為是堆組織表，主鍵類型設計方面就可以這麼講究了。
輔助索引，就是我們常規所指的索引，原文是SECONDARY KEY。輔助索引裡還可以再分為唯一索引，非唯一索引。
唯一索引其實應該叫做唯一性約束，它的作用是避免一列或多列值存在重復，是一種約束性索引。
在MyISAM引擎中，唯一索引除了key值允許存在NULL外，其余的和主鍵索引沒有本質性區別。也就是說，在MyISAM引擎中，不允許存在NULL值的唯一索引，本質上和主鍵索引是一回事。
而在InnoDB引擎中，主鍵索引和輔助索引的區別就很大了。主鍵索引會被選中作為聚集索引，而唯一索引和普通輔助索引間除了唯一性約束外，在存儲上沒本質區別。
從查詢性能上來說，在MyISAM表中主鍵索引和不允許有NULL的唯一索引的查詢性能是相當的，在InnoDB表通過唯一索引查詢則需要多一次從輔助索引到主鍵索引的轉換過程。InnoDB表基於普通索引的查找代價更高，因為每次檢索到結果後，還需要至少再多檢索一次才能確認是否還有更多符合條件的結果，主鍵索引和唯一索引就不需要這麼做了。
經過測試，對100萬行數據的MyISAM做隨機檢索（整數類型），主鍵和唯一索引的效率基本一樣，普通索引的檢索效率則慢了30%以上。換成InnoDB表的話，唯一索引比主鍵索引效率約慢9%，普通索引比主鍵索引約慢了50%以上。
聚集索引
在MySQL中，InnoDB引擎表是（聚集）索引組織表（clustered index organize table），而MyISAM引擎表則是堆組織表（heap organize table）。
也有人把聚集索引稱為聚簇索引。
當然了，聚集索引的概念不是MySQL裡特有的，其他數據庫系統也同樣有。
簡言之，聚集索引是一種索引組織形式，索引的鍵值邏輯順序決定了表數據行的物理存儲順序，而非聚集索引則就是普通索引了，僅僅只是對數據列創建相應的索引，不影響整個表的物理存儲順序。
我們先來看看兩種存儲形式的不同之處：
簡單說，IOT表裡數據物理存儲順序和主鍵索引的順序一致，所以如果新增數據是離散的，會導致數據塊趨於離散，而不是趨於順序。而HOT表數據寫入的順序是按寫入時間順序存儲的。
IOT表相比HOT表的優勢是：
范圍查詢效率更高；
數據頻繁更新（聚集索引本身不更新）時，更不容易產生碎片；
特別適合有一小部分熱點數據頻繁讀寫的場景；
通過主鍵訪問數據時快速可達；
IOT表的不足則有：
HOT表的不足有：
上面說過，InnoDB是聚集索引組織表，它的聚集索引選擇規則是這樣的：
首先選擇顯式定義的主鍵索引做為聚集索引；
如果沒有，則選擇第一個不允許NULL的唯一索引；
還是沒有的話，就采用InnoDB引擎內置的ROWID作為聚集索引；
可以看到，在這個索引結構的葉子節點中，節點key值是主鍵的值，而節點的value則存儲其余列數據，以及額外的ROWID、rollback pointer、trx id等信息。
結合這個圖，以及上面所述，我們可以知道：在InnoDB表中，其聚集索引相當於整張表，而整張表也是聚集索引。主鍵必然是聚集索引，而聚集索引則未必是主鍵。
MyISAM是堆組織表，它沒有聚集索引的概念。
兩者的比較
下面是一個簡單的比較表
