PHP看起來很簡單，一個初學者也可以幾個小時內就能開始寫函數了。但是建立一個穩定、可靠的數據庫確需要時間和經驗。下面就是一些這樣的經驗，不僅僅是MYSQL，其他數據庫也一樣可以參考。
1.使用MyISAM而不是InnoDB
MySQL有很多的數據庫引擎，單一般也就用MyISAM和InnoDB。
MyISAM 是默認使用的。但是除非你是建立一個非常簡單的數據庫或者只是實驗性的，那麼到大多數時候這個選擇是錯誤的。MyISAM不支持外鍵的約束，這是保證數據完整性的精華所在啊。另外，MyISAM會在添加或者更新數據的時候將整個表鎖住，這在以後的擴展性能上會有很大的問題。
解決辦法很簡單：使用InnoDB。
2.使用PHP的mysql方法 PHP從一開始就提供了MySQL的函數庫。很多程序都依賴於mysql_connect、mysql_query、mysql_fetch_assoc等等，但是PHP手冊中建議：
如果你使用的MySQL版本在4.1.3之後，那麼強烈建議使用mysqli擴展。
mysqli，或者說MySQL的高級擴展，有一些優點：
有面向對象的接口
prepared statements(預處理語句，可以有效防止SQL-注入攻擊，還能提高性能)
支持多種語句和事務
另外，如果你想支持多數據庫那麼應該考慮一下PDO。
3.不過濾用戶輸入
應該是：永遠別相信用戶的輸入。用後端的PHP來校驗過濾每一條輸入的信息，不要相信Javascript。像下面這樣的SQL語句很容易就會被攻擊：
$username = $_POST["name"];
$password = $_POST["password"];
$sql = "SELECT userid FROM usertable WHERE username='$username'AND password='$password';"; // run query...
這樣的代碼，如果用戶輸入”admin';”那麼，就相當於下面這條了：
SELECT userid FROM usertable WHERE username='admin';
這樣入侵者就能不輸入密碼，就通過admin身份登錄了。
4.不使用UTF-8
那些英美國家的用戶，很少考慮語言的問題，這樣就造成很多產品就不能在其他地方通用。還有一些GBK編碼的，也會有很多的麻煩。
UTF-8解決了很多國際化的問題。雖然PHP6才能比較完美的解決這個問題，但是也不妨礙你將MySQL的字符集設置為UTF-8。
5.該用SQL的地方使用PHP
如果你剛接觸MySQL，有時候解決問題的時候可能會先考慮使用你熟悉的語言來解決。這樣就可能造成一些浪費和性能比較差的情況。比如：計算平均值的時候不適用MySQL原生的AVG()方法，而是用PHP將所有值循環一遍然後累加計算平均值。
另外還要注意SQL查詢中的PHP循環。通常，在取得所有結果之後再用PHP來循環的效率更高。
一般在處理大量數據的時候使用強有力的數據庫方法，更能提高效率。
6.不優化查詢
99%的PHP性能問題都是數據庫造成的，一條糟糕的SQL語句可能讓你的整個程序都非常慢。MySQL的EXPLAIN statement，Query Profiler，many other tools的這些工具可以幫你找出那些調皮的SELECT。
7.使用錯誤的數據類型
MySQL提供一系列數字、字符串、時間等的數據類型。如果你想存儲日期，那麼就是用DATE或者DATETIME類型，使用整形或者字符串會讓事情更加復雜。
有時候你想用自己定義的數據類型，例如，使用字符串存儲序列化的PHP對象。數據庫的添加可能很容易，但是這樣的話，MySQL就會變得很笨重，而且以後可能導致一些問題。
8.在SELECT查詢中使用*
不要使用*在表中返回所有的字段，這會非常的慢。你只需要取出你需要的數據字段。如果你需要取出所有的字段，那麼可能你的表需要更改了。
9.索引不足或者過度索引
一般來說，應該索引出現在SELECT語句中WHERE後面所有的字段。
例如，假如我們的用戶表有一個數字的ID(主鍵)和email地址。登錄之後，MySQL應該通過email找到相應的ID。通過索引，MySQL可以通過搜索算法很快的定位email。如果沒有索引，MySQL就需要檢查每一項記錄直到找到。
這樣的話，你可能想給每一個字段都添加索引，但是這樣做的後果就是在你更新或者添加的時候，索引就會重新做一遍，當數據量大的時候，就會有性能問題。所以，只在需要的字段做索引。
10.不備份
也許不常發生，但是數據庫損毀，硬盤壞了、服務停止等等，這些都會對數據造成災難性的破壞。所以你一定要確保自動備份數據或者保存副本。
11.另外：不考慮其他數據庫
MySQL可能是PHP用的最多的數據庫了，但是也不是唯一的選擇。 PostgreSQL和Firebird也是競爭者，他們都開源，而且不被某些公司所控制。微軟提供SQL Server Express，Oracle有10g Express，這些企業級的也有免費版。SQLite對於一些小型的或者嵌入式應用來說也是不錯的選擇。
