正確的編譯方法固然重要，但它只是提高MySQL服務器性能工作的一部分。MySQL服務器的許多參數會影響服務器的性能表現，而且我們可以把這些參數保存到配置文件，使得每次MySQL服務器啟動時這些參數都自動發揮作用。這個配置文件就是my.cnf。
MySQL服務器提供了my.cnf文件的幾個示例，它們可以在/usr/local/mysql/share/mysql/目錄下找到，名字分別為my-small.cnf、my-medium.cnf、my-large.cnf以及my-huge.cnf。文件名字中關於規模的說明描述了該配置文件適用的系統類型。例如，如果運行MySQL服務器的系統內存不多，而且MySQL只是偶爾使用，那麼使用my-small.cnf配置文件最為理想，這個配置文件告訴mysqld daemon使用最少的系統資源。反之，如果MySQL服務器用於支持一個大規模的在線商場，系統擁有2G的內存，那麼使用MySQL-huge.cnf最為合適。
要使用上述示例配置文件，我們應該先復制一個最適合要求的配置文件，並把它命名為my.cnf。這個復制得到的配置文件可以按照如下三種方式使用：
全局：把這個my.cnf文件復制到服務器的/etc目錄，此時文件中所定義的參數將全局有效，即對該服務器上運行的所有MySQL數據庫服務器都有效。
局部：把這個my.cnf文件復制到[MYSQL-INSTALL-DIR]/var/將使該文件只對指定的服務器有效，其中[MYSQL-INSTALL-DIR]表示安裝MySQL的目錄。
用戶：最後，我們還可以把該文件的作用范圍局限到指定的用戶，這只需把my.cnf文件復制到用戶的根目錄即可。
那麼，如何設置my.cnf文件中的參數呢？或者進一步說，哪些參數是我們可以設置的呢？所有這些參數都對MySQL服務器有著全局性的影響，但同時每一個參數都和MySQL的特定部分關系較為密切。例如，max_connections參數屬於MySQLd一類。那麼，如何才能得知這一點呢？這只需執行如下命令：
% >/usr/local/mysql/libexec/MySQLd --help
該命令將顯示出和MySQLd有關的各種選項和參數。要尋找這些參數非常方便，因為這些參數都在“Possible variables for option --set-variable (-O) are”這行內容的後面。找到這些參數之後，我們就可以在my.cnf文件中按照如下方式設置所有這些參數：
set-variable = max_connections=100
這行代碼的效果是：同時連接MySQL服務器的最大連接數量限制為100。不要忘了在my.cnf文件[MySQLd]小節加上一個set-variable指令，具體請參見配置文件中的示例
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