對於這兩種存儲引擎的選擇，要根據項目的應用特點來權衡，而對於復雜的應用系統，也可以根據實際情況來選擇多種存儲引擎的組合。不過這種方法不建議采取。
MyISAM支持全文索引，這是一種基於分詞創建的索引，支持一些比較復雜的查詢，但不是事務安全的，而且不支持外鍵。每張MyISAM表存放在3個文件中：frm文件存放表格定義；數據文件是MYD；索引文件是MYI；對於MyISAM表，可以手工或者自動執行檢查或修復操作。
InnoDB是事務型引擎，支持回滾，具有崩潰恢復能力，多版本並發控制，支持ACID事務、支持行級鎖定（InnoDB的行級鎖不是絕對的，如果一個SQL語句沒有使用到索引，那麼InnoDB會鎖全表）。
InnoDB的工作原理：就是把數據撈帶內存當中，被用戶讀寫，這樣大大增加了性能。當數據全部加載到內存當中時，這時的性能是最好的，它的設計理論是充分利用內存，減少磁盤I/O使用率。
MyISAM和InnoDB的區別有以下幾點：
1．MyISAM是非事務安全型的，而InnoDB是事務安全型的，也就是ACID事務支持。
2．MyISAM鎖是表級鎖，鎖開銷小，而InnoDB支持行級鎖定，鎖管理開銷大，支持更好的並發寫操作。
3．在最新的版本中，兩者都已經支持全文索引。
4．MyISAM相對簡單，管理方便，因此在效率上優先於InnoDB，小型應用可以考慮使用。
5．MyISAM表是保存成文件的形式，在跨平台的數據轉移中使用其存儲會省去不少的麻煩。
6．InnoDB表比MyISAM表更安全，可以保證在數據不丟失的情況下切換非事務表到事務表。
總結：
MyISAM存儲引擎的讀鎖和寫鎖是互斥的，讀寫操作時串行的。當一個進程請求某個MyISAM表的讀鎖，同時另一個進程也請求通一表的寫鎖，MySQL是寫進程先獲得鎖，不僅如此，即使讀請求先到鎖等待隊列，寫請求後到，寫鎖也會插到讀鎖請求之前，這是因為MySQL會認為寫請求一般要比讀請求重要，這也是MyISAM表不太適合有大量更新操作和查詢操作應用的原因，因為大量的更新操作會造成查詢操作很難忽地讀鎖，從而可能永遠阻塞。
InnoDB用於事務處理應用程序，具有眾多特性，包括支持ACID事務、行鎖等。如果應用中需要執行大量的讀寫操作，則應使用InnoDB，這樣可以提高多用戶並發操作的性能，所以要盡量優先使用InnoDB引擎。
