MySQL這個名字，起源不是很明確。一個比較有影響的說法是，基本指南和大量的庫和工具帶有前綴“my”已經有10年以上，而且不管怎樣，MySQL AB創始人之一的Monty Widenius的女兒也叫My。這兩個到底是哪一個給出了MySQL這個名字至今依然是個密，包括開發者在內也不知道。
MySQL的海豚標志的名字叫“sakila”，它是由MySQL AB的創始人從用戶在“海豚命名”的競賽中建議的大量的名字表中選出的。獲勝的名字是由來自非洲斯威士蘭的開源軟件開發者Ambrose Twebaze提供。根據Ambrose所說，Sakila來自一種叫SiSwati的斯威士蘭方言，也是在Ambrose的家鄉烏干達附近的坦桑尼亞的Arusha的一個小鎮的名字。
MySQL，雖然功能未必很強大，但因為它的開源、廣泛傳播，導致很多人都了解到這個數據庫。它的歷史也富有傳奇性。
MySQL的歷史最早可以追溯到1979年，那時Oracle也才小打小鬧，微軟的SQL Server影子都沒有。有一個人叫Monty Widenius, 為一個叫TcX的小公司打工，並用BASIC設計了一個報表工具，可以在4M主頻和16KB內在的計算機上運行。過了不久，又將此工具，使用C語言重寫，移植到Unix平台，當時，它只是一個很底層的面向報表的存儲引擎。這個工具叫做Unireg。
可是，這個小公司資源有限，Monty天賦極高，面對資源有限的不利條件，他反而更能發揮潛能，總是力圖寫出最高效的代碼。並因此養成了習慣。與Monty同在一起的還有一些別的同事，很少有人能堅持把那些代碼持續寫到20年後，而Monty卻做到了。
1990年，TcX的customer 中開始有人要求要為它的API提供SQL支持，當時，有人想到了直接使用商用數據庫算了，但是Monty覺得商用數據庫的速度難令人滿意。於是，他直接借助於mSQL的代碼，將它集成到自己的存儲引擎中。但不巧的是，效果並不太好。於是, Monty雄心大起，決心自己重寫一個SQL支持。
1996年，MySQL 1.0發布,只面向一小撥人，相當於內部發布。到了96年10月，MySQL 3.11.1發布了，呵呵，沒有2.x版本。最開始，只提供了Solaris下的二進制版本。一個月後，Linux版本出現了。
緊接下來的兩年裡，MySQL依次移植到各個平台下。它發布時，采用的許可策略，有些與眾不同：允許免費商用，但是不能將MySQL與自己的產品綁定在一起發布。如果想一起發布，就必須使用特殊許可，意味著要花銀子。當然，商業支持也是需要花銀子的。其它的，隨用戶怎麼用都可以。這種特殊許可為MySQL帶來了一些收入，從而為它的持續發展打下了良好的基礎。（細想想，PostgreSQL曾經有幾年限入低谷，可能與它的完全免費，不受任何限制有關系）。
MySQL3.22應該是一個標志性的版本，提供了基本的SQL支持。
1999-2000年，有一家公司在瑞典成立了，叫MySQL AB (不知道AB是什麼意思，待查)。 雇了幾個人,與Sleepycat合作，開發出了 Berkeley DB引擎, 因為BDB支持事務處理，所以，MySQL從此開始支持事務處理了。
2000年4月，MySQL對舊的存儲引擎進行了整理，命名為MyISAM。同時，2001年，Heikiki Tuuri向MySQL提出建議，希望能集成他們的存儲引擎InnoDB，這個引擎同樣支持事務處理，還支持行級鎖。
如今，遺憾的是，BDB和InnoDB好像都被Oracle收購了，為了消滅競爭對手，哪怕是開源的，都是不擇手段。
MySQL與InnoDB的正式結合版本是4.0。
到了MySQL5.0，2003年12月，開始有View, 存儲過程之類的東東，當然，其間, bug也挺多。
在2008年1月16號 MySQL被Sun公司收購。
最近，MySQL的創始人Monty Widenius已經向Sun提交了辭呈。head都要走了。
據說，被Sun收購的公司多薄命，不知道MySQL今後前途如何，希望一路走好。相信MySQL的生命力還是很長久的。
