你能用的數據庫引擎取決於mysql在安裝的時候是如何被編譯的。要添加一個新的引擎，就必須重新編譯MYSQL。在缺省情況下，MYSQL支持三個引擎：ISAM、MYISAM和HEAP。另外兩種類型INNODB和BERKLEY（BDB），也常常可以使用。
ISAM
ISAM是一個定義明確且歷經時間考驗的數據表格管理方法，它在設計之時就考慮到數據庫被查詢的次數要遠大於更新的次數。因此，ISAM執行讀取操作的速度很快，而且不占用大量的內存和存儲資源。ISAM的兩個主要不足之處在於，它不支持事務處理，也不能夠容錯：如果你的硬盤崩潰了，那麼數據文件就無法恢復了。如果你正在把ISAM用在關鍵任務應用程序裡，那就必須經常備份你所有的實時數據，通過其復制特性，MYSQL能夠支持這樣的備份應用程序。
MYISAM
MYISAM是MYSQL的ISAM擴展格式和缺省的數據庫引擎。除了提供ISAM裡所沒有的索引和字段管理的大量功能，MYISAM還使用一種表格鎖定的機制，來優化多個並發的讀寫操作。其代價是你需要經常運行OPTIMIZE TABLE命令，來恢復被更新機制所浪費的空間。MYISAM還有一些有用的擴展，例如用來修復數據庫文件的MYISAMCHK工具和用來恢復浪費空間的MYISAMPACK工具。
MYISAM強調了快速讀取操作，這可能就是為什麼MYSQL受到了WEB開發如此青睐的主要原因：在WEB開發中你所進行的大量數據操作都是讀取操作。所以，大多數虛擬主機提供商和INTERNET平台提供商只允許使用MYISAM格式。
HEAP
HEAP允許只駐留在內存裡的臨時表格。駐留在內存使得HEAP比ISAM和MYISAM的速度都快，但是它所管理的數據是不穩定的，而且如果在關機之前沒有進行保存，那麼所有的數據都會丟失。在數據行被刪除的時候，HEAP也不會浪費大量的空間，HEAP表格在你需要使用SELECT表達式來選擇和操控數據的時候非常有用。要記住，用完表格後要刪除表格。
INNODB和BERKLEYDB
INNODB和BERKLEYDB（BDB）數據庫引擎都是造就MYSQL靈活性的技術的直接產品，這項技術就是MySql++ API。在使用MySql的時候，你所面對的每一個挑戰幾乎都源於ISAM和MYIASM數據庫引擎不支持事務處理也不支持外來鍵。盡管要比ISAM和MYISAM引擎慢很多，但是INNODB和BDB包括了對事務處理和外來鍵的支持，這兩點都是前兩個引擎所沒有的。如前所述，如果你的設計需要這些特性中的一者或者兩者，那你就要被迫使用後兩個引擎中的一個了。
