點擊Install（安裝）按鈕後，MySQL安裝幫助開始安裝過程，並對系統進行下面章節描述的更改。
更改注冊表
在典型安裝中，MySQL安裝幫助在HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB創建Windows注冊鍵值。
MySQL安裝幫助根據正安裝的服務器的主要版本創建一個鍵值，例如 MySQL服務器5.1。它包含兩個字符串值，Location和Version。Location字符串包含安裝目錄。在默認安裝中，它包含C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1\。Version字符串包含發布號。例如，安裝MySQL Server 5.1.2-alpha，鍵值包含一個5.1.2-alpha值。
這些注冊鍵值用來幫助外部工具識別MySQL服務器的安裝位置，不需要掃描整個硬盤來確定MySQL服務器的安裝路徑。運行服務器時不需要注冊鍵值，使用noinstall Zip文件時不創建注冊鍵值。
更改啟動菜單
MySQL安裝幫助在Windows 啟動菜單中創建一條新的條目，使用MySQL菜單，根據安裝的MySQL的主版本來命名。例如，如果安裝了MySQL 5.1, MySQL安裝幫助在啟動菜單中創建MySQL Server 5.1部分。
將在新啟動菜單部分創建下面的條目：
· MySQL命令行客戶端：這是mysql命令行客戶端的快捷方式，對其進行配置以連接為root用戶。當連接時快捷方式提示輸入root用戶密碼。
· MySQL服務器實例配置向導：這是MySQL Configuration Wizard（配置向導）的快捷方式。使用該快捷方式來配置新安裝的服務器，或重新配置已有的服務器。
· MySQL文檔：可以連接到保存在MySQL服務器安裝目錄下的文檔。采用基本安裝方式安裝MySQL服務器時，該選項不可用。
更改文件系統
默認情況下，MySQL安裝幫助將MySQL 5.1服務器安裝到C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1，其中Program Files是系統應用程序的默認位置，5.1是MySQL服務器的主要版本。這是建議的MySQL服務器的新安裝位置，替換了前面的默認位置c：\mysql。
默認情況下，所有MySQL應用程序保存到目錄C:\Program Files\MySQL下，其中Program Files是應用程序在Windows中的默認安裝位置。開發機器上的典型MySQL安裝應為：
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1
C:\Program Files\MySQL\MySQL Administrator 1.0
C:\Program Files\MySQL\MySQL Query Browser 1.0
該方法使管理和維護具體系統上安裝的MySQL應用程序更加容易。
